貴船神社は、京都府京都市左京区の神社。奥宮は本宮の上流側700メートルの場所にあり、以前はここが本宮であった。闇龗神（くらおかみのかみ）を祭神とするが、高龗神と同じ神であるとされている。「丑の刻参り」で知られる。

昔、宇治の橋姫が貴船神社の奥宮に丑の刻（午前2時）参りをし、男に呪いをかけたという伝説があり、それをもとに書かれた謡曲『鉄輪』が広く知られ、丑の刻参りの跡らしき五寸クギが実際に残されている。

社伝によると、5世紀初めごろの第18代反正天皇の時代に、神武天皇の母・玉依姫（たまよりひめ）が黄船に乗って淀川、賀茂川（鴨川）、貴船川をさかのぼり、現在の貴船神社の奥宮あたりに船を留め、そこに社殿を建てたのが始まりとされる。

奥宮には玉依姫が川をさかのぼる時に乗ってきたといわれる黄船を、人目につかないように小石を積んで囲んだものといわれる「船形石」がある。航海にでる時は、この小石を戴いて携帯すれば海上安全に過ごせるそうで、航海のお守りといわれている。