高野山東京別院（こうやさんとうきょうべついん）とは、東京都港区高輪三丁目に存在する寺院である。宗派は高野山真言宗。本尊は弘法大師。隣に建つのは高輪警察署である。また地下には東京電力の変電所がある。

江戸時代における高野山学侶方の江戸在番所として慶長年間（1596年～1615年）に浅草日輪寺に寄留して開創された。

明暦元年（1655年）に幕府より芝二本榎に土地が下賜され、延宝元年（1673年）高野山江戸在番所高野寺として完成した。