宮古神社（みやこじんじゃ）は沖縄県宮古島市にある神社。熊野三神、豊見親三神を祀る。

天正十八年（1590年）、沖縄本島の波上宮より熊野三神が勧請され、宮古権現堂を建立した。大正14年（1925年）に町社・宮古神社が創建された。昭和15年（1940年）に紀元二千六百年記念事業として、宮古神社を県社に昇格せんとして、宮古権現堂の熊野三神、町社・宮古神社の二柱の神を合祀。境内地を西里5番地（現在の境内地）に移し、同19年（1944年）に新・宮古神社へ遷座が行われた。県社昇格が内定したが、戦災炎上。漲水御嶽に祭神を合祀。昭和31年（1956年）、目黒盛定政を増祀。昭和55年（1980年）、旧境内地（西里1番地）に本殿、拝殿を再興し、遷座祭を斎行。平成22年（2010年）に、西里5番地に新社殿が竣工、遷座祭を斎行した。