曼殊院（まんしゅいん）は京都市左京区一乗寺にある天台宗の仏教寺院である。山号はなし。本尊は阿弥陀如来、開基（創立者）は是算（ぜさん）である。

竹内門跡とも呼ばれる門跡寺院（皇族・貴族の子弟が代々住持となる別格寺院のこと）であり、青蓮院、三千院（梶井門跡）、妙法院、毘沙門堂門跡と並び、天台五門跡の1つに数えられる。国宝の黄不動画像や曼殊院本古今和歌集をはじめ、多くの文化財を有する。近畿三十六不動尊第十七番。